Le CN FPC est composé de 31 membres, dont :

-    8 pharmaciens représentant l'Ordre des pharmaciens et ses différentes sections, nommés sur proposition des conseils centraux de l'Ordre,
-    2 représentants titulaires enseignants des unités de formation et de recherche de pharmacie (UFR), nommés sur proposition des directeurs des UFR, après avis des présidents des universités concernées,
-    3 pharmaciens nommés sur proposition des organisations syndicales des pharmaciens titulaires d'officine,

-    1 pharmacien nommé sur proposition des organisations syndicales des établissements pharmaceutiques,
-    2 pharmaciens nommés sur proposition des organisations syndicales des établissements de distribution en gros de médicaments,
-    1 pharmacien nommé sur proposition des organisations syndicales des pharmaciens des établissements privés ne participant pas au service public hospitalier,
-    2 pharmaciens nommés sur proposition des organisations syndicales des pharmaciens exerçant en laboratoire de biologie médicale,
-    5 pharmaciens nommés sur proposition des organisations syndicales des pharmaciens salariés,
-    3 représentants des organismes de formation,
-    2 personnes qualifiées, une oeuvrant dans le domaine de la santé publique et une représentant des usagers du système de santé,
-    1 représentant du ministre chargé de la santé,
-    1 représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur.

Les membres sont nommés par le ministre de la santé pour une durée de 5 ans, renouvelable une fois.

Le CN FPC est organisé en trois sections, déterminées en fonction de la section d'inscription des pharmaciens à l'Ordre, savoir :

-    une section "Dispensation", compétente pour les pharmaciens inscrits en section A, D, H (à l'exception de ceux des établissements de santé publics ou participant au service public hospitalier) et ceux inscrits en section E ayant les mêmes modes d'exercice,
-    une section "Biologie", compétente pour les pharmaciens inscrits en section G et en section E ayant les mêmes modes d'exercice,
-    une section "Industrie et distribution en gros", compétente pour les pharmaciens inscrits en section B, C et en section E ayant les mêmes modes d'exercice.

La composition et le fonctionnement des sections sont déterminés par le règlement intérieur du Conseil national.